Clinical Neuroscience Knowledge Base

这是长期维护的临床神经科学课程工作区。它同时保留两种视图：

  • lectures/：逐节课记录老师讲了什么，原始文件、课堂总结、提取图片和处理日志互不合并。
  • knowledge-base/、pathways/、atlas/、review/：把截至当前的课程知识增量整合成可检索、可复习的系统。

Markdown 与 sources/sources.json 是 source of truth；site/ 是可删除并重新生成的 HTML 浏览层。

学习入口按 端脑、间脑、脑干、小脑、脑循环、脊髓组织；目前完整结构内容来自 L01 端脑/间脑、L02 脑干与 L03 小脑/脑动脉，脊髓页面收纳截至当前的课程联系。每个结构页先看各面解剖图与位置，再看毗邻、作用与功能、传导链（脑室采用交通链，血管采用供血链）。

优先复用 PPT 图片与原标注；标签是独立文本框时保留整页渲染。每张最终采用的图需实际打开核对乱码、缺字、遮挡和清晰度；图上疑点紧邻图片说明。既有临床/PT/课堂重点放在默认折叠的延伸阅读中，完整课程、通路、复习和图谱历史可从辅助入口访问。

全站目录按 Markdown 的 learning_group 与 learning_order 组织，本页目录由二级标题生成。presentation_mode: ppt-direct 让知识页直接显示正文中的课程图片并支持放大；已有 atlas_ids、visual_priority 与历史标注审计保留，V2 图卡仍可在图谱记录页查阅。不要为了正文简化而删除历史图谱关系。

Knowledge Base 以课程 PPT 为主干，不预填通用神经科学百科。外部资料只能回答已登记的具体知识缺口：gap-driven, not encyclopedia-driven。

最简单的日常用法

  1. 新建 lectures/L01_Introduction/、lectures/L02_Sensory/ 这类目录。
  2. 把老师的 .ppt、.pptx 或 .pdf 原文件直接放进去，不重命名、不覆盖旧课。
  3. 对 Codex 说：整理最新一节 Clinical Neuroscience。

Skill 会发现最高编号的未处理 Lecture；处理完成后在项目根目录运行 ./publish.sh 即可一键更新并发布全站。

网站发布与自动同步 (Publishing & Auto-Sync)

项目已配置 GitHub + Cloudflare Pages 自动部署：

  • 本地 Markdown/PPT/图谱为 Source of Truth。
  • 原始 PPT/PDF/视频/临时文件经 .gitignore 隔离，确保版权与隐私安全。
  • 生成的静态网页 site/ 托管于 GitHub 私有仓库，由 Cloudflare Pages 自动构建部署。

一键更新网站

在本地更新课程内容或图谱后，只需执行：

./publish.sh

该脚本会自动完成：

  1. 运行 build_html.py 生成最新 site/ 页面与图谱。
  2. 校验全站 40+ 页面与 2800+ 相对链接/资源完整性（如有断链则自动中断 push）。
  3. 提交 Git 变更并 push 到 GitHub。
  4. 触发 Cloudflare Pages 自动更新（约 1 分钟后手机/iPad/Windows 刷新网站即可看到最新版）。

手动检查命令

在项目根目录运行：

python3 skills/clinical-neuroscience-knowledge-builder/scripts/discover_lectures.py Clinical-Neuroscience
python3 skills/clinical-neuroscience-knowledge-builder/scripts/build_html.py Clinical-Neuroscience
python3 skills/clinical-neuroscience-knowledge-builder/scripts/annotation_integrity.py Clinical-Neuroscience
python3 skills/clinical-neuroscience-knowledge-builder/scripts/validate_workspace.py Clinical-Neuroscience

修改知识页后运行 build_html.py 和 validate_workspace.py，图片变化需检查最终图片与页面；只有新增或修改自绘标注时才另运行 annotation_integrity.py。前者证明哈希、尺寸、1:1 anatomy canvas 与端点坐标没有漂移；它不能替代神经解剖语义复核。

如需先提取指定课程：

python3 skills/clinical-neuroscience-knowledge-builder/scripts/extract_lecture.py Clinical-Neuroscience --lecture L03_Motor-Control

PDF 默认提取文字；确有图像复习价值时可加 --render-pages。直接复用 PPT 图片无需 V2 annotation spec。新增或修正箭头时，先独立判断切面、landmarks、目标与置信度，再使用 V2 annotation spec；低于阈值的结构不会被脚本强行标注。审计记录保存在 annotation-audit.md 与 atlas/annotation-audit.json。

外部知识补充

当 PPT 缺少理解当前结构、通路、lesion localization 或 PT 联系所必需的信息时，Skill 会先在 Gap Register 写清楚一个可回答的问题和边界，再按顺序查找：

  1. 当前及已有课程 PPT；
  2. reference-library/course-assigned/ 中的指定教材和老师资料；
  3. 权威教材、图谱或专业资源；
  4. 高质量 review、guideline 或 peer-reviewed literature；
  5. 可靠专业网页。

缺口被合适来源回答后即停止，不继续扩展相邻百科内容。外部知识仍分别标为 【Foundation】、【Clinical Extension】 或 【PT Relevance】，不会变成 【Course Content】。

以后加入教材或参考书时，把原文件放到 Reference Library 对应目录，并对 Codex 说：登记这份课程参考资料。 可先检查尚未登记的文件：

python3 skills/clinical-neuroscience-knowledge-builder/scripts/discover_references.py Clinical-Neuroscience

长期维护约定

  • 专业解释以中文为主，重要术语第一次出现给标准英文。
  • 课程事实使用 [PPT:Lnn:Snnn] 这一格式（实际处理时替换为真实编号）；基础、临床与 PT 扩展使用各自标签，不冒充老师内容。
  • 外部补充必须先有 Gap ID，先查本地 Reference Library，并把引用登记到 sources/sources.json。
  • 新资料先查 canonical entry 和 terminology，再补充、修正或增加来源。
  • PPT 与外部权威资料冲突时保留 Course Content，并写入 conflicts/index.md，不得静默覆盖。
  • status: processed 只用于自动检查无 error 的课程；仍需人工确认时使用 needs-review。
  • 不声称“必考”；只记录明确强调、跨课重复或推测的复习价值。

目录导览

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